मोक्सीफ्लोक्सासिन की जीवाणुनाशक क्रिया टोपोइज़ोमेरेज़ II (डीएनए गाइरेज़) और टोपोइज़ोमेरेज़ I.V के निषेध के परिणामस्वरूप होती है। जीवाणु डीएनए प्रतिकृति, प्रतिलेखन, मरम्मत और पुनर्संयोजन के लिए आवश्यक है। ऐसा प्रतीत होता है कि C8-मेथॉक्सी मात्रा C8-H मात्रा की तुलना में ग्राम-पॉजिटिव बैक्टीरिया की बढ़ी हुई गतिविधि और प्रतिरोधी म्यूटेंट के कम चयन में योगदान करती है। C-7 स्थिति में भारी बाइसाइक्लोमाइन पदार्थ की उपस्थिति सक्रिय प्रवाह को रोकती है, जो NorA या पीएमआरए कुछ ग्राम-पॉजिटिव बैक्टीरिया में देखे गए जीन।
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